Après deux ans de travaux et pour un coût de 5 millions d’euros, il avait été inauguré en grande pompe le 18 juin 2013 dans le cadre de Marseille capitale européenne de la culture. "Nous avons voulu donner des clés de compréhension aux visiteurs, dont beaucoup s’extasient devant le patrimoine, les mosaïques, mais sans en comprendre le sens" expliquait alors le P. Jacques Bouchet, recteur de la basilique. Mais la fréquentation n’a pas été celle que l’on attendait, 8.000 visiteurs annuels alors qu’on tablait sur 100.000. Ce qui n’était pas impossible quand on sait que deux millions de personnes fréquentent les lieux. Frédéric Proal, président de l’association du domaine Notre-Dame-de-la-Garde indique "La décision de fermer doit être prise début mai" et précise "Le projet est prêt, mais on doit respecter certaines procédures". Il s’agit surtout de reclasser les cinq salariés qui auront été licenciés. Le prix de l’entrée est de 5 et 3€, et le même Frédéric Proal constate avec regret "Les gens s’attendent à avoir des prestations gratuites"…
Dans cet ensemble muséal de 350m2 sont réunies des pièces illustrant les 800 ans d’existence du site. On y trouve en particulier une collection de plusieurs centaines d’ex-voto, remerciements à la "Bonne mère", et parmi eux, beaucoup ont été offerts par les marins et les pêcheurs. Ainsi que des objets cultuels, des statues, de l'orfèvrerie, des archives, des tableaux, des maquettes et des plans de construction de l’édifice. Après la fermeture du musée, toutes ces pièces reprendront le chemin des réserves de la basilique.
En 2014, de nombreuses manifestations ont célébré le millénaire de la première chapelle édifiée sur la colline de la Garde et dédiée à la Vierge Marie. De nombreuses constructions se sont succédé jusqu’à la basilique actuelle Notre-Dame-de-la-Garde, de style romano-byzantin, dont la première pierre fut posée le 11 septembre 1853. Elle sera consacrée le 4 juin 1864. Le site est classé en 1917 et c’est naturellement le monument le plus visité de Marseille, presque son symbole. En 1892, est mis en service le funiculaire, "l’ascenseur", qui facilitait l’accès à la basilique et même si des millions de passagers l’ont emprunté, on arrêtera son exploitation en 1967, il n’était pas assez rentable. Actuellement, un petit train qui part du Vieux-Port permet de rejoindre la basilique à 161m au-dessus de la ville, un magnifique parcours permettant d'admirer quelques très beaux endroits de la cité phocéenne, les Forts Saint-Jean et Saint-Nicolas, le Palais du Pharo ou l’Abbaye St Victor entre autres.